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Test Method

検査方法

真菌培養で分離された真菌について、遺伝子配列を解析してより詳細で精度の高い同定を行います。

純培養した真菌コロニーからDNAを抽出し、真菌全般を幅広く検出できる「ユニバーサルプライマー」を用いてPCRを行います。一般的な「○○病のPCR検査」のように、特定の病原体のみを検出するPCRではないため、菌種の予測がつかない場合でも検査を行うことができます。

しかしユニバーサルプライマーによるPCRでは、「真菌であること」はわかりますが、菌種まで特定することはできません。菌種を同定するには、PCRで増幅した塩基配列をさらに解析(シーケンス)し、その配列情報をデータベースと照合する必要があります。こうしたPCRとシーケンスを組み合わせた解析によって、正確な種レベルでの同定を行います。

さらに、真菌コロニーの形態もあわせて観察し、そこから予測される真菌群に応じて使用するユニバーサルプライマーを選定しています。使用する標的領域には、リボソームRNA遺伝子のITS領域やD1/D2領域、βチューブリン遺伝子、カルモジュリン遺伝子などがあり、これを適切に選択することで同定の精度を高めています。

※培養をせず検体から直接遺伝子同定を希望される場合は、Direct-Fungiをご利用ください。

 

【検査の流れ】

遺伝子同定
Report

報告

同定された菌名を、基本的には属(genas)種(species)で報告します。

報告書のサンプルはこちら

 

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