生物は歴史的に見た目や性質などで分類されてきましたが、遺伝子の解析により同種だと思っていたものが全く違うものだったり、その逆もあることが明らかになってきました。真菌も例外ではなく、遺伝子の情報に基づいて再分類や名前の変更が行われている最中です。

真菌は有性生殖の特徴をもとに分類され、かつては子嚢菌門、担子菌門、接合菌門、不完全菌門、ツボカビ門に分かれていましたが、遺伝子による再分類の結果、接合菌門と不完全菌門は無くなり、原虫に分類されていたエンセファリトゾーンはミクロスポリディア門として真菌の仲間入りをするなど大きな変化がありました。

臨床的には、子嚢菌門、担子菌門、ムーコル（ケカビ）門、ミクロスポリディア（微胞子虫）門、ツボカビ門の5つが重要になります。